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商、周 屬揚州。
春秋 屬吳地。
戰國 屬楚地。
秦 屬九江郡。
西漢 屬豫章郡。
東漢 屬廬陵郡。漢獻帝建安四年（199年）立遂興縣，萬安屬遂興縣地。
三國 屬吳地，屬揚州廬陵郡。吳大帝嘉禾四年（235年）改遂興縣為新興縣。
西晉 太康元年（280年）復名遂興縣。
隋 隋開皇九年遂興縣廢，并入泰和（注：歷代地理沿革表載，開皇十年并入安豐），屬揚州。
唐 唐因隋，萬安仍為泰和縣地。南唐保大元年（943年），分地為鎮，置萬安鎮，為龍泉縣地，屬揚州。
宋 宋熙寧四年（1071年）漕使金君卿、憲使王宜溫、常平使蘇獬以鎮當水陸之沖、舟車之會，控扼贛石咽喉，凡漕運重寄皆屬于此，因此，割龍泉永興、和蜀二鄉十有一耆、泰和誠信鄉六堡、贛縣龍泉鄉八疃，置縣。仍名萬安，屬吉州軍，縣治自此始。宋元豐初始筑縣城，六年（1083年）復筑城浚池。
元、明、清 均沿用萬安為縣名。元，萬安縣屬吉安路；明、清時期屬吉安府，民國初年屬江西廬陵道。
中華民國
1926年，廢道制直屬省。1932年，屬江西省第九行政督察區。
1931年9月，成立湘贛省革命政權，時，萬安縣贛江河西部分為湘贛省蘇維埃政府所轄地區。
1931年10月，萬安、泰和縣合并設萬泰縣，縣境東與縣境東北的楓林、枧頭、窯頭、百嘉、麻源和縣境南的棉津、大小蓼以及五豐部分地方屬萬泰縣；縣境南的黃塘、均村、武術等地屬楊殷縣；良口、澗田、順峰屬贛縣。屬江西省蘇維埃政府，是中央蘇區的一部分。中國工農紅軍北上抗日以后上述各地仍屬萬安縣。
1934年到1949年，國民黨蔣介石統治集團被逐出大陸逃往臺灣為止，萬安縣屬江西省第三行政督察區，萬安縣治城廂鎮。
中華人民共和國
1949年8月7日萬安解放。10月1日中華人民共和國成立后，萬安縣屬江西省人民政府吉安區。縣人民政府仍設城關鎮（1984年改稱芙蓉鎮）。
1955年3月，改吉安區為吉安專區，萬安縣屬之。
1968年2月，改吉安專區為井岡山專區，萬安縣屬之。
1971年1月，改井岡山專區為井岡山地區，萬安縣屬之。
1979年，改井岡山地區為吉安地區，萬安縣屬之。
2000年5月11日，經國務院批準，撤銷吉安地區，設立地級吉安市，萬安縣屬之。
